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如果规范操作，使用口咽拭子或鼻咽拭子采集标本的方法，在本质上并没有区别，都是为了采集到咽部标本，进行新冠肺炎病毒核酸检测，以判定被采样者是否感染了新冠肺炎病毒。
所不同的是，为了采集到咽部标本，一种是将采样工具通过口腔进入的方法采集口咽部标本，一种是将采样工具通过鼻腔进入的方法采集鼻咽部标本。因此，分别被称为口咽拭子、鼻咽拭子。
在采集口咽拭子的样本时，采样者是可以看见所要采样的咽部位置，但对口咽粘膜的刺激性较大，可能导致被采样者咳嗽、恶心，甚至呕吐等反应。而采集鼻咽拭子的样本时，对鼻咽粘膜的刺激性则相对较小，但采样者看不见采样的咽部位置，主要依靠手部感觉到的阻力来完成采样。
与鼻咽拭子相比，口咽拭子采样有时会因为刺激性反应，较难达到规范性采样要求。加上，由于我们的饮食、饮水和吞咽动作，会在一定程度上降低口咽部的病毒富集度，导致口咽拭子的阳性检出率低于鼻咽试子。实际观察和比较中，也发现鼻咽拭子的阳性检出率高于口咽拭子。
当然，影响样本阳性检出率，还有其他因素，如采样时机，通常病人发病后1周内采集的标本阳性检出率高，而超过10天以后，由于咽部含有病毒的细胞浓度降低，检出率也会随之降低，一般没有必要两种采样同时进行。