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对于运行中的洁净室，末端高效过滤器的价值并不高，全部加起来可能还不到用户几个小时的产值，但更换末端高效过滤器的风险和间接费用会很高。更换过滤器时要停产，停产损失只有业主自己能算出来，这笔损失肯定比过滤器的备件费用高。更换高效过滤器是十分仔细的操作，洁净室内的任何东西都可能价值昂贵，破坏一个部件其损失可能高于全部过滤器的费用。更换过滤器后要由专业人员进行检测，有时还要对空调系统进行调试，还要经过一段时间的试运行。检测、调试、试运行，三项费用加到一起，可能会与过滤器价格不相上下。聪明的业主总是希望尽可能地延长高效过滤器的使用寿命，不是为了省过滤器那几个钱，他们是想避免因更换过滤器而产生的一堆麻烦。
要延长高效过滤器的使用寿命，最根本的办法是将灰尘挡在预过滤器。更换预过滤器一般无须停产，无须调试，所以有经验的业主会把注意力和金钱花在预过滤器及保护级中级过滤器上。对于10K级和100K级洁净厂房，预过滤选用G4、中级可选用F8过滤器（比色法95%），这样，末端高效过滤器的使用寿命一般可达1-2年。在国外项目中和国内新建项目中，F8过滤器是非均匀流洁净室最常见的预过滤器。
有些场合，对高效过滤器使用寿命的规定不是出于对阻力的考虑，而是其它因素。若厂房中有氢氟酸，而车间空调又不是全新风系统，高效过滤器中的玻璃纤维滤纸会受到回风的腐蚀，为了安全，必须定期更换高效过滤器。有些大的制药厂，每年雨季过后要更换高效过滤器，为的是防止过滤器上任何可能的霉菌污染。有些生物实验室和与危险品打交道的实验室，在开展一项新的重要课题前，为了可靠会要求使用新的高效过滤器。
初效过滤器一般2-3个月更换一次，中效过滤器每半年更换一次，这样高效过滤器的寿命一般能在1年以上；
但为保护后级高级别过滤器使用及保障洁净室安全运行，许多聪明的业主每月更换初效，每3个月更换中效及亚高效（或者前面所述风柜内末段选用高效做保护过滤器），这样可以保证高效过滤器3年以上的使用寿命，而且因为更换后的新过滤器阻力小，空调负荷大大减少，而过滤器更换的费用远小于空调运行所需的电费，频繁更换前级预过滤器实际上是使空调在低阻力负荷下运行，节省了大量电费。