百菌清化学性质稳定，是良好的伴药，除不能与碱性农药混用外，几乎可以和其他所有的常用农药混用，不会出现化学反应降低药效等副作用。现将百菌清的注意事项介绍如下：
1、该制剂不宜与石硫合剂、波尔多液等碱性农药混用。
2、百菌清对鱼类及甲壳类动物毒性大，要避免药液污染池塘和水域。
3、梨、柿对百菌清较敏感，不可施用。高浓度对桃、梅、苹果会引起药害。苹果落花后20d的幼果期不能用药，会造成果实锈斑。对玫瑰花有药害。与杀螟硫磷混用，桃树易发生药害。与克螨特、三环锡等混用，茶树可能产生药害。
4、悬浮剂可能会有一些沉淀，摇匀后使用不影响药效。
5、注意防潮、防晒。
6、在黄瓜上安全间隔期为21d，一季最多使用6次；在番茄上安全间隔期为7d，一季最多使用3次；在大白菜上安全间隔期限为7d，每季最多使用2次；在柑橘上安全间隔期为25d，一季最多使用6次；在花生上安全间隔期为14d，一季最多使用3次；
在梨树上安全间隔期为25天，每季最多使用6次；在苹果上安全间隔期不少于20d，每季最多使用4次；在葡萄上安全间隔期为21d，每季最多使用4次，在水稻上安全间隔期为10d，早稻每季最多使用3次，晚稻每季最多使用5次
