柑桔黑腐病病原为真菌，称为柑桔链格孢属半知菌亚门。病部长出的墨绿色绒毛状霉层是病菌的分生孢子梗及分生孢子。分生孢子长椭圆形或倒棍棒形，暗橄榄绿色。防治柑桔黑腐病应采取以栽培管理为主的综合防治措施：
一、加强栽培管理：
适时追施肥料，搞好排灌（避免雨天积水，遇天旱时及时灌水），及时修剪枯枝、弱枝，以增强树势。
二、注意防治虫害：
注意防治卷叶虫等虫害，以减少果实受害。
三、采果及贮运期的防治：
1、避免在雨后或大雾后，果皮含水分最多时采果；
2、在采收、分级、装运的过程中，尽量防止损伤果实，收果时剪留的果柄应与果面齐平；③改善贮运条件，降低贮运仓库的温、湿度。一般柑桔贮藏温度应调节在0℃～5℃范围内，相对湿度保持在90％左右。贮藏窖地面撒一薄层硫酸铵，可抑制霉菌发生，贮藏期间及时除去病果，防止蔓延。
四、贮藏时的防治：
贮藏前先用0．25％肥皂水洗果，然后用5％～6％硼砂水（水温43℃）浸5分钟，晾干贮藏；用经矿物油或防腐剂（硫酸铜）处理的包果纸包果，可减少腐烂；采果后用50％乙基托布津250倍液，50％多菌灵500～2000倍液或50％托布津500～1000倍液加2，4-D50～250ppm，在采果后不超过3天内浸果（要全部果面沾湿药液），果实浸湿即取出，趁湿包装，可基本抑制柑桔黑腐病的发生，防治效果达80％～90％。
