白菜根腐病发病初期，最好将田间病株清除，用生石灰或石灰水封闭，再对田间普遍用一次药。考虑到这时候已有病菌浸入某些未发病株，用药最好选择具有内吸性的高效杀菌剂。
白菜根腐病是细菌性病害，主要靠雨水或灌溉水在田间大范围漫延。掌握这个规律，选好种植田块，在发病季节(如多雨季节，特别是淹水情况下)注意预防是关键。预防性用药使用一般的防治细菌性病害的药剂都可以，如农用链霉素、叶青双、铜高尚、噻菌铜、噻森铜等。
叶青双和有机铜制剂噻菌铜(龙克菌)、噻森铜均具有一定的内吸性，可以选用，最好交替轮换使用。铜高尚(碱式硫酸铜)等药物没有内吸作用，用药后对染病株效果会差些。
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