有机肥的使用出现效果不佳的原因很多，在此分两大类（不包括病害这一类），第一类是生产企业的原因，第二类是使用方面原因。
第一类
生产企业的原因
企业生产控制方面的原因里面涉及到质量控制，在这里重点讨论养分、pH、氯离子含量、含盐量、阳离子交换量、腐植酸、小分子脂肪酸、重金属、有害微生物等因素。这些内容有很多并不出现在有机肥料行业标准里面，但却不得不注意。
养分
由于原材料本身养分低或发酵生产工艺原因，有些企业的有机肥发酵出来，其养分并不合格，加上有些厂连化验室都没有，一批产品就这样迈向了市场。
有些企业检测发现养分不够，但也舍不得添加化肥补充，也使这些产品迈上了市场。无肥料登记证的企业所生产出来的产品，并不在市场上流通，一般是直接面向用户，这一块特别难以监管。
PH
原材料本身pH就各有不同，在发酵过程中，pH变化也较大，如果发酵过程控制不好，有可能发酵出来会发现pH在8.5以上，或5.5以下。
特别是过酸的产品会导致农作物生长受阻或死亡，而过碱的有机肥料，由于南方土壤普遍偏酸，危害反而不大。
氯离子含量
一般没有人会去检测氯离子含量，但有些原料却含有不少的氯离子，特别是在严重忌氯的作物上使用时，会出现严重问题。
也有些厂家使用氯化铵这一类含氯化肥加入到有机肥中，以提高总养分中的氮，这也是导致氯离子含量增高，影响农作物的生长。
含盐量
肥料盐份高，就好像把一包食盐洒到有限的地里，作物很受影响。一般来说，生活污泥、厨余垃圾等原料的盐份较高，不耐盐的作物会出现黄叶、掉叶、萎蔫、死亡等现象。有人认为，当堆肥EC值小于9.0ms/cm3时，对种子发芽没有抑制作用。
阳离子交换量
一般腐熟的有机肥，其阳离子交换量大，保肥肥力，缓冲能力强，对pH、盐份有很好的缓冲作用，对于维持土壤的良好状况有着很重要的作用。
而没有腐熟的有机肥甚至是晒干就卖的粪便，其阳离子交换量极低，起不到应有的缓冲效果，相反，还会危害土壤本身的缓冲效果，造成作物生长障碍。
腐植酸
新鲜原料几乎不含有腐植酸，腐植酸是在有机肥发酵生产过程中不断产生的，以高温发酵（大于50℃）尤为明显。
腐植酸与铵、钾、钠结合，具有刺激作物生长的功能，也具有易吸引的效果，也可提高作物抗逆性，促产，促萌发，腐植酸更可因为其交换能力而增强土壤缓冲能力。
小分子脂肪酸
低级脂肪酸对种子发芽和植物生长有不良影响。小分子脂肪酸易招引苍蝇，这比较容易观察出来。
一般来说，小分子脂肪酸存在于未腐熟的物料中，如新鲜鸡粪等。其所带来的危害是：小分子脂肪酸会抑制种子萌发，会抑制根系生长。
重金属
重金属会在植物中积累，最终通过食物链集中到人身上，对人造成伤害。同时重金属也会对农作物的生长造成损害。
由于设备昂贵，大部分企业是没有设备对重金属进行检测的，农资市场到现在才多见执法部门对重金属进行检测。
有害微生物
堆肥温度在50℃以上的时间不少于5天，可以杀死病原菌及虫卵，达到无害化。
但实际上很多厂家有机肥生产过程中，由于工艺水平原因，未能达50℃以上或达到了却时间维持过短，大部分蛔虫卵、大肠菌群等未能大部分杀灭，这就影响了作物健康生长。
第二类
施用方面的原因
有机肥使用效果不佳，与肥料销售员的推广误导有关，也与用户自身知识和习惯使用有关。优质的土壤要能为植物生长提供稳定、协调的水、肥、气、热根际环境条件，具有支持锚定植物、保持水分和透气的作用，还具有缓冲作用，使根际环境保持相对稳定。
优良的土壤在物理性质上，固、液、气三相比例恰当，容重、总孔隙度、大小孔隙比都要较为适宜。化学性质上，阳离子交换量大，基质保肥性好，pH值接近中性， 并具有一定的缓冲能力， 具一定的C/N比以维持栽培过程中基质的生物稳定性。沃土地所生产出来的有机肥正是着这个目标去改良土壤。
第二类原因可以简单归为一句：使用方法不对。这里简单介绍几个不对的使用方法。
追肥
用户把有机肥当化肥来追肥，没能及时盖土，肥料只在土壤表面，不能与土壤充分进行接触，不能起到改良土壤的效果。
加上日晒雨淋，有益的微生物不能起作用，养分也会随水流失，有机肥的缓冲能力、蔬松土壤、持水透气、保温保肥等等的功能也都体现不出来。
有机肥最佳方式应当配合无机肥作为基肥使用，最好与土壤进行混合，但起码（有机肥）也要做到不裸露在土壤表面，如沟施穴施等。
新鲜粪便直接使用
施用新鲜粪便就好像厂家卖用户未腐熟有机肥一样，但出问题的话会更加严重。
有机肥的施用基注意事项
一、要在足够的墒情和适宜的温度下施用。无论在何种土壤上施用，都要有充足的墒情促其迅速分解转化。
二、为了使肥料体现长效与速效的持续效应，凡是施用有机肥的大田，每亩施用有机肥的量要足，但也不宜过多，以免烧苗；具体用量根据产品含量和作物需肥时期特性来定。
三、做基肥使用时用量亦不能过多，特别是蔬菜大棚的更不能超量施用；注意蔬菜大棚用有机肥一定注意含氮量。
四、土壤墒情不足时，施用后要及时抗旱调墒
备注：根据土壤和地方气候及习惯不同，施肥量有所不同，应当根据当地土壤实际情况确定施肥的量。
另外经销商在选购经销产品时不要一味追求高利润！目前由于有机肥的效果转化比较慢，部分经销商明知个别产品不是很靠谱但还是选择经营。
原因分析有两点：一是因为高利润。二是因为有机肥作用主要是改善土壤问题，眼下一般都配着无机肥施用，好坏产品在短期内并看不出明显对比。这就导致一些正规大厂家的产品难以被面向用户。
