在用药剂灌根的时候，需要注意三个问题。
第一：使用杀菌剂灌根前不宜进行浇水
一是因为作物的根部病害已经发生，若浇水，病菌会随流水进行传播，造成更多死棵。二是因为浇水容易导致土壤透气性下降，根部缺氧，产生沤根，抗逆性降低，使病原菌更容易浸染。另外，浇水后再进行灌根，药液更难下渗，用药过多还容易使土壤透气性更差，易造成作物沤根，加剧死棵发生，所以在灌根前不宜进行浇水。
第二：灌根后不宜立即浇水
灌根后立即浇水，会使土壤中的药液很快稀释，杀菌防病效果降低。因此，在使用杀菌剂灌根后的几天内尽量不要浇水。
第三：在使用杀菌剂灌根后，作物一旦出现药害症状时，可以浇水进行补救，以免造成较大损失。
措施是迅速溜一次小水，以稀释土壤中药液浓度，而后及时用生根剂或爱多收或云大120喷淋加灌根，缓解药害、恢复植株长势。
