集菌仪是通过集菌仪的定向蠕动加压作用，实施正压过滤器并在滤器内进行培养，以检验供试品是否含菌。
试品通过进样管道连续被注入集菌培养器中，利用集菌培养器内形成的下压，通过微孔滤膜过滤，试品中可能存在的微生物被截留收集在滤膜上，通过冲洗滤膜除去供试品的抑菌成分。
然后把所需培养基通过进样管道直接注入集菌培养器中，放置规定的温度培养，观察是否有长菌现象。
集菌仪使用步骤：
1.取出培养器先检查包装是否完好无损，在无菌室内打开塑料包装袋。
2.将培养器逐个插放在不锈钢座上。
3.将集菌培养器的弹性软管装入智能集菌仪泵头，要求定位准确，软管走势顺畅。
4.打开待检样品的瓶盖插针孔并消毒之，（若检测安瓿样品，先将安瓿颈部消毒，然后打开并将安瓿）样品瓶定位。
5.拔去进样双芯针管之护套，插入样品瓶中，开启集菌仪，实施过滤集菌（应避免双芯针管进气，滤膜被药液浸湿，影响进气）。
6.完成集菌后，若样品含抑菌物质，按药典 规范要求适当用冲洗液清洗，清洗方法与集菌过程相同。
7.消毒培养基瓶插针孔处。
集菌仪适用于注射无菌制剂、抗生素类及含有抑菌成分的药品、灭菌医疗器具的无菌检查；制备无菌无微粒制剂及食品、化妆品等微生物检测领域。
