二氧化碳培养箱内通常采用两种方式控制箱体内湿度。一是采用被动控湿法，即通常的二氧化碳培养箱内均放置一个3L的水盘，内盛3L无菌纯水，37度的温度，水自然蒸发，使箱体内湿度达到95%。二是一些高级的二氧化碳培养箱，采用主动加湿系统(蒸汽发生器，加热水盘，喷雾器等)，可以 控制箱体内的湿度，如低温培养时（低温二氧化碳培养箱）就需要主动加湿的方法。
水盘污染控制问题：这种高湿度条件下，放置在箱体内部的水盘中的纯净水，很容易造成微生物的滋生，产生污染，导致细胞培养完全失败。
目前，控制水盘内污染的方法有如下几种：
1、定期(至少每两周一次)，更换水盘内的无菌蒸馏水或无菌去离子水。
2、在水盘内添加适量硫酸铜，配制方法：20g无水硫酸铜＋5ml浓硫酸＋1L灭菌纯水。
3、夏季气温高时，水盘里加0.02％的叠氮钠可以有效的预防真菌污染。
4、水盘内添加适量抗生素。
5、定期为培养箱(含水盘)进行一次高温灭菌。
6、使用专用的水盘污染控制试剂，如市面上有些CO2培养箱厂家提供水盘污染控制专用的银离子消毒盒，说明书上描述能有效杀灭600中微生物，能持续使用6个月，但此类专用污染控制试剂较常规方法，存在价格较昂贵缺点。采用主动加湿的方式就不存在污染问题。
