对液相色谱系统的故障作逻辑推理是快速纠正毛病的关键。某些一目了然的故障，如接头漏液紧紧螺丝就可以。有些故障一时难以捉摸，如峰拖尾的问题一时找不到原因。遵循有规则的模式解决问题十分重要，而不是胡乱地逐一检查每个部件。
1、粗看一遍。
第一，故障发生后要给系统做一次快速的检查。沿着流动相贮存器经系统到放空这条流路看一遍，有什么问题一般都能发现；泵的入口处有无气泡，接头漏无，压力是否比平常高？还有无其他的反常现象？第二，确证所设定的条件是否合适。检查流动相，流速，压力，柱子种类，检测器和记录器，调整这些方面对方法的适应性。这两步检查仅仅需要几分钟的时间，但能事半功倍。
2、系统有什么新变化？
例如开机后进行过维修，更换零部件，加入新流动相，分析过特殊样品，改变方法，停过电等。如有其他操作者在实验室中可询问一下他们是否动过仪器，或随手按过什么按钮。最后认真归纳一下系统发生的每一个变化，这样一般能解决问题。
3、对照参考比条件。
系统出了问题在色谱图上都有反应，再做一次试验参考色谱图。如果参考色谱图是好的，是否样品出了问题；如果参考色谱图不好，那么系统有了故障。也有问题不在色谱图中反映出来，如压力变化。这时应弄清流动相及其流速是否对头，不必做试验参考色谱图。
4、逐步分析并解决问题。
如果上述尝试无效，可将系统做一次做一种变化，并同时记录下来。变化无效的一般无问题，有效的应做上记号，然后根据情况，做出调整整个或局部部件的决定。
