实验室用超声波清洗器主要用于生物化学、、药物学、物理学、动物学、农学、医学、食品、制药等行业的实验分析或实验器具的洗；
还广泛应用电子、光学、机械、汽车、首饰等待业的破碎、乳化、分散、助溶、提纯、消泡脱气、加速化学反应等。
主要用于清洗气门、点火栓、油箱、蓄电池电极、机器操纵盘零件上的油脂、防腐剂、塑料残留物、研磨磨料等。
超声波清洗机用于医疗行业可以彻底清洗手术机械及手术附件的各种污渍，排出人工清洗不彻底的问题；
所以国家卫生部公布《内镜清洗消毒技术操作规范》规定：
“内镜及附件用后应当立即清洗、消毒或灭菌…需在超声波清洗机内清洗5--10分钟。
"和采用戊二醛、环氧乙烷浸泡消毒、灭菌。
在《医疗机构口腔诊疗器械消毒技术操作规范》中规定：牙科器械“应当采用超声清洗"和采用环氧乙烷、戊二醛浸泡消毒、灭菌。
我国电子行业中，绝大多数企业都在使用PCB，PCB组件焊接采用的助焊剂分为水溶型、松香型和免清洗型三类；
使用较多的为前两种，多采用超声波清洗，免清洗型原则上应该不清洗；
但是，目前世界各国的大多数厂家即使采用免清洗型焊剂焊接组件，仍需要清洗。
特别是高密度PCB以及高密度IC出脚不清洗或不采用超声波清洗；
必将导致高密度线路之间和IC出脚之间吸附尘埃，一旦环境湿度大，极易发生高密度线间和脚间短路而出现故障；
而一旦环境干燥，短路故障又自行消失，这类故障又不易查找。
所以各国的电子整机厂均坚持对PCB板作超声波清洗。
在我国，军工电子整机厂已开始推广，并收到了因此举既提高了产品可靠性，又降低了售后服务成本的双重效益。
