缓释消毒器的操作是有规程可循的。一般情况下缓释消毒器有三种工作状态：即自动、手动和旁通。通常不允许开启旁通阀，只有在缓释消毒器无法实现自动或手动的紧急情况下才允许临时使用旁通阀。
一般缓释消毒器分前加氯和后加氯。前加氯缓释消毒器可设定为自动或手动状态。当其自动时，加氯机投加量是根据进厂水的流量来控制的；当其手动时是根据进厂水的水质、水量人工给定投加量，一般情况下不宜超过2.2KG/h。特殊情况例外(如：原水水质恶化)。后加氯缓释消毒器要设置成自动状态，控制的信号是滤后水的余氯值与设定值的偏差。
正常通电时，先启动管道泵，打开加氯机有关阀门，通电顺序为：出厂水余氯分析仪>滤后水余氯分析仪>前加氯缓释消毒器>后加氯缓释消毒器。(清水渠内必须有滤后水)后加氯缓释消毒器通电前，必须确认滤后水的余氯分析仪读数已稳定。后加氯的缓释消毒器约8-30分钟才能稳定。
若通电前缓释消毒器已正常使用，且内部的参数上次已设置好，本次通电无需重新设定。缓释消毒器内部的存贮器已将设置的参数保存起来，若要改变参数设置，请有关工程技术人员现场指导。
若因市电造成突然停电，应先关闭缓释消毒器有关阀门及氯瓶总阀，关闭缓释消毒器电源时，顺序为：后加氯缓释消毒器>前加氯缓释消毒器>滤后水余氯分析仪>出厂水余氯分析仪。
如果缓释消毒器停电时间过长(超过24小时)，造成缓释消毒器内部设置参数丢失，需重新输入设定的参考数值。
