在选择色谱柱之前，先多了解自己的样品和杂质，他们的类型结构、极性、酸碱性、分子量大小等等，
1.样品是极性的且弱酸性的；就可以选择C18在100%酸性水溶液条件下检测，即要选择承受100%纯水且对极性化合物保留很好的色谱柱。推荐品牌;赛分HP-C18色谱柱
2.如果你是检测的样品是极性比较大或者酸性比较强的样品。那么可以选择赛分公司研发生产的Polar-HILIC亲水色谱柱。又成都摩尔科学仪器有限公司专业提供；还可以选择使用硅胶基质强阴离子交换柱HP-SAX，但是离子色谱柱对于流动相的PH值要求比较精密，平衡时间也比较长，比较难以清洗。用了离子色谱柱就不能够用于其他实验。
3.若样品是碱性的；可选择高纯硅胶柱（高纯硅胶缺少金属杂质，且硅胶端基封尾）或一些经过修饰的C18柱（如极性嵌入技术或碱去活技术等），他们都会减少碱性化合物的拖尾，一般会选择中性或偏碱的条件下做，因为这样可增加碱性样品的保留。推荐选择赛分公司的BR-C18色谱柱。这款色谱柱的特点有；采用高度可控的三官能团单分子层形成和封尾技术，高的柱间重现性，高的选择性和分离效率，pH适用范围1.5-10.5。
4.如果碱性化合物的极性太强，或碱性太强；可以选择成都摩尔科学仪器有限公司提供的GP-C18色谱柱检测；这款色谱柱价格实惠，开法方法简单，并且试用领域广泛。缺点就是能够拥有这一款色谱柱的厂家极少。
在使用液相色谱C18色谱柱柱过程中，我们需要了解色谱柱安装与操作
色谱柱在运输过程中或在没有使用时，它的两端总是用堵头进行密封。当将色谱柱接入色谱仪器系统时，首先移去两端的堵头。请注意将流动相流动的方向与柱上标记的方向保持一致。除非出于特殊考虑，例如为了清除堵在色谱柱入口端的脏污等而需要将色谱柱反接以进行冲洗时，建议用户在接上色谱柱时一定要遵循柱上标记的方向。由于色谱柱的连接是整个色谱操作过程的一部分，如果密封卡套过紧，或安装不合适，或者密封卡套与色谱柱端口不匹配，都有可能导致溶液的泄漏。请按照下面步骤将色谱柱与密封卡套相连接，从而将色谱柱接入HPLC系统：
（a）第一次使用的管线，请依次将管线接头和密封卡套装在外径1/16”的管线上。密封卡套的宽口端应朝向管线接头。
（b）将管线紧紧插入色谱柱的接口，向前滑动密封卡套和管线接头，并使管线接头的螺纹与色谱柱端口的螺纹相互衔接，然后拧紧管线接头。如果管线为高分子材料，请转到步骤（d）；如果是金属管线，请继续（c）。
（c）在用力将管线压入柱端接口之后，用1/4”扳手将已拧紧的螺帽再进一步紧固。
（d）对色谱柱的另一端采用上述方法进行操作。新的GP-C18柱中的液相是甲醇（或乙腈）的水溶液。在储存和运输过程中，硅胶填料可能会干涸。这时推荐使用10-20倍柱体积的纯有机溶剂如甲醇、乙腈等进行冲洗以活化色谱柱。接着可用用户自己选择的流动相冲洗色谱柱。流速由0.1mL/min逐渐升至所需的操作条件，直至基线稳定为止。如果柱压和基线波动较大，这可能是气泡进入了色谱柱中。这时可用较高流速冲洗色谱柱2-5分钟，例如4.6~150mm的色谱柱可采用流速2mL/min。
