高效液相色谱仪中，保护柱安装在进样器和分析柱之间，通过流动相和样品溶液。保护柱是液相色谱分析中重要的色谱耗材，使用保护柱可大大降低分析柱受污染的程度，延长分析柱使用寿命。保护柱位于进样器与分析柱之间，作用主要两方面：
1.截留不溶性颗粒
2.吸附样品基质中的杂质
一、如何选择保护柱：
1.保护柱的填料，与分析柱保持一致!填料品牌一致，才能100%确保选择性一致。
2.保护柱的规格，要与分析柱匹配!填料粒径一致，保护柱的内径与分析柱的内径相近。
3.对于精细分离，保护柱本身的装填柱效要足够好!
4.对于精细分离或者小内径色谱柱分离，保护柱的连接死体积要尽可能小。
5.如果是用于UHPLC柱，还要考虑保护柱的耐压能力。
保护柱不理想，就会导致峰扩散，分离度下降，不利于精细分离。
理想的保护柱，即使分析柱短小如4.6×100mm，安装保护柱后也未引起分离度与峰高的降低。
二、如何使用保护柱：
1.专柱专用。避免保护柱成为不同项目的交叉污染源。
2.及时更换保护柱。当峰的理论塔板数下降15%，或是柱压上升15%，或是关键分离度下降15%时，都应该及时更换保护柱。
3.不慎发生强污染时，可以将分析柱卸下，单独冲洗保护柱，可以使污染物更快的从保护柱中流出。——但是不可以超声保护柱。
三、保护柱使用注意事项：
1.独立式保护柱与分析柱连接时，连接管路尽可能短，且接口切面平滑，尽量减少死体积以降低柱外展宽效应。
2.卡套式保护柱一般未标注液流方向，使用时最好自行标注，并按照标注方向来使用，以免正反向使用后，截留的杂质污染分析柱。
3.直接填装的短柱型保护柱，出现柱压升高或峰型变差时，可不接分析柱进行反向清洗，清洗溶剂可参考分析柱清洗溶剂。
4.卡套式保护柱，柱芯替换时，注意柱芯与柱套是否存在方向上的匹配，同时不易旋拧过紧，以防滑丝。
5.保护柱或柱芯一般不建议超声清洗，因可能对填料表面修饰有影响。
6.如同一保护柱配不同的分析柱使用，每次使用前，保护柱需先清洗并用流动相平衡保护柱一段时间后，再接分析柱使用。
