平菇是好气性真菌，菌丝体在塑料薄膜覆盖下可正常生长，在用塑料薄膜封口的菌种瓶中也能正常生长。而在一定二氧化碳浓度下菌丝较自然界空气中正常二氧化碳含量下生长更好。就是说，一定浓度的一氧化碳可刺激平菇菌丝体的生长，但是，子实体形成、分化和发育需要充足的氧气。在氧气不足，二氧化碳浓度过高时，不易形成子实体。
【霜霉病】
一、平菇霜霉病病害症状： 发病初期在培养料表层形成白色，棉絮状菌丝，并慢慢扩大覆盖面，其菌丝所到之处不出菇，继而侵染正常菇蕾，菇体基部，使菇体变为淡土黄色至黄褐色、变软腐烂，腐烂菇体后期轻微臭味，但较细菌病害侵染的腐烂病菇臭味小得多。染病菇区域及霉菌菌丝覆盖区域不再出菇。
二、发病原因： 该霉菌在乎菇生长的温度范围内均可发生并危害，且多发生于深秋至初春栽培季节，即有低温发病趋势。尤其该季节又是大批投料生产的黄金时间段，因此越发感觉该病害的严重性。该霉菌孢子大量寄生于土壤、基料及水中，通过空气，人体及虫也可传播，染病菇体弹射的孢子是加重危害的重要途径之一。
三、防治措施：
1、栽培用棚，栽培用土的处理，参考“软腐病的防治”。
2、发现病菇后，即将菇棚加大通风，停止喷水使基料表层干燥，及时摘除病菇并焚烧处理，切忌乱弃后形成新的污染源。
3、对用过的工具及病菇发生区使用5%甲醛或80倍漂白粉处理。
4、发病较重的菇棚，在全部采光后相应处理基料表层，刮除表层后重喷多菌灵、甲醛溶液并密闭48h，之后加强通风，不予喷水，约10d后重复出菇管理。 5、食用菌生产专业村（区）一旦发现该病害等，应禁止互相串棚、参观，以免交叉污染。
【僵菇病】
一、平菇僵菇病病害症状： 幼菇在分化前染病，很小就死亡，菌盖直径约1cm左右，整个菇体（菇丛）呈干、白、僵化状，不软、不腐、不臭，有的菌盖表皮紧绷、发亮，有的菌盖上似有一层粉状物。培养料未见任何异变，但此后将不再出菇。
二、发病原因： 该霉菌大量寄生于土壤菇棚的缝隙及原料中，空气、人体、虫也是重要的传播途径。
三、防治措施： 无防治特效药，重点是“防”，适当降低棚内温度加大通风，药防参考“软腐病”。
【软腐病预防措施】
1、栽培大棚远离发病区建造，这是根本的预防手段。
2、继续在发病区进行生产时，应对栽培大棚作如下处理：
（1）焚烧：将原大棚上部架杆、覆盖物全部除去将墙体刮除1～3cm，地面翻松约10cm后，在棚内铺厚约20cm废弃作物秸秆或柴草类，四周墙根部尽量堆高堆多一些，点燃焚烧。焚烧后的灰烬翻入土内并整平地面，重新覆膜并尽量密闭，经约10d即可启用。
（2）药物杀菌：将大棚墙体刮除1cm，地面翻松5cm后，配制6%甲醛水溶液，根据发病程度掌握使用量在200～600g/平方米，实行毯式喷洒杀菌。
注意要点：一要喷洒均匀、不留任何死角，无药区；二要喷洒速度快，最好用高压喷雾器2～3人操作；三是喷完后立即密封大棚出入口以及通风口，一周后即可启用。也可根据发病程度，用多菌灵0.3～0.6kg，甲醛0.2～0.4kg共同溶于100kg水中，按上述方法处理大棚并均匀喷洒，亦有很好的效果。
3、栽培料中加入干料重0.3%的多菌灵或使用活性发酵剂进行高温堆酵（65～70℃）处理。
4、栽培用土的处理：远离栽培区是老栽培区、原发菌区取土，过筛使土壤颗粒直径3mm以下，将过筛后的细土暴晒，最好能使其充分干燥，每吨土用50%多菌灵250g、 36%甲醛400g兑水500kg边喷边拌，拌两遍并喷完药液，然后覆盖塑料膜，约一周后可随用随取。
5、菌袋入棚一段时间，尤其是出菇后，如果培养料表面出现白色绵毛（绒毛）状菌丝后，应立即用刀铲类工具将发病区刮除约2cm基料，并在该区域涂抹400倍多菌灵溶液，将刮除物清除干净并随之焚烧处理，不可使用土埋方式，更不能随便扔弃。
6、一旦发生染病菇，应立即加强通风并停止喷水，使棚内空气湿度降至最低，并立即将病菇摘除，参考上述措施清理病区和处理病菇，并对使用工具在400倍多菌灵溶液中浸泡杀菌。1～2周后观察若无霉菌菌丝长出，可重新正常管理。
7、发病初期或潮间无菇生长时，可对培养料表面进行一遍全面刮除处理，方法同上。
8、发病较重或发现较晚，已形成严重危害的栽培大棚则不必进行上述处理，只有清除基料，重新进行大棚杀菌处理后再行栽培生产。
