一、 发生烂棒的原因分析：
1、菌种选择不当： 错误地将在段木上栽培表现良好的菌株，不经过适应性和抗霉性试验，盲目地应用于袋料黑木耳上，由于菌种不适应环境，发菌缓慢，引起杂菌感染，发生烂棒。
2、季节安排不当： 一是春栽黑木耳接种期安排过迟或秋栽黑木耳接种期安排过早，造成养菌期间超温，菌丝体内细胞质营养液流出，受到环境因素的影响，表现吐黄水现象。出现吐黄水的栽培袋，袋内其它菌丝被粘液包围，生理活动受到限制，菌丝逐渐死亡，高温高湿条件下各种杂菌趁机感染。 二是秋栽黑木耳栽培季节安排过迟或春栽黑木耳接种期安排过早，发菌期间气温低于20℃，菌丝生理活性低，发菌缓慢，不能迅速地占领培养料，引起杂菌感染，导致菌棒腐烂。
3、养菌期间管理不当： 发菌前期黑木耳菌棒所处的室温较低，引起个别接种穴菌丝死亡，感染杂菌；发菌后期，气温渐渐升高，加上菌丝体呼吸作用放出热量，当气温超过25℃时，没有及时采取通风降温措施，发生烧堆闷菌现象；另外发菌期间通风不良，不能有效地排出培养室内的CO和其它有毒气体，使菌丝活动受阻，活力下降，引起杂菌感染。
4、耳棚未清理干净或靠近污染源： 生产中使用旧耳棚，在采耳过程中培养基、子实体及已受感染的塑料袋及其它污染物未清理干净，耳棚未经过消毒，成了杂菌繁殖的培养基；有的耳棚直接靠近污染源或使用了被污染的水，直接产生杂菌，引起菌棒腐烂，造成经济损失。
5、出耳期间水分管理不当： 在木耳原基形成期，浇水过早，木耳原基未封住划口，水流进或渗入划口内，造成感染。木耳原基分化期，刚形成的子实体原基处于芽孢状态，芽孢因吸水过多而发生细胞破裂，划口处菌丝停止生长而退菌，形成的子实体原基失去菌丝营养供应而停止生长，造成霉菌感染或流耳。
6、耳棚内通风不良： 耳棚选址不当，或棚顶、棚周覆盖物太厚或通风不及时等原因，使耳棚内缺氧，CO和其它有毒气体积聚，木耳菌丝生活力下降，子实体生长缓慢或停止生长，为杂菌繁殖生长提供条件，发生烂耳或流耳现象。
7、采耳过晚： 黑木耳子实体营养丰富且又是胶质状，采收不及时，子实体老化变薄，失去弹性，不但质量差，而且极易产生霉菌，造成流耳、烂耳现象。
二、 应采取的对策：
1、选好菌种： 选择菌龄在35～45天，发菌良好、菌丝洁白，生长粗壮，抗杂性强、产量高、耳片大、肥厚、颜色深的黑木耳菌种。经过试验，在生产中表现较好的有Au01、Au02、Au03、Au04等菌株。
2、科学安排栽培季节： 黑木耳栽培分春栽和秋栽，秋栽接种期一般安排在8月～9月，当气温低于30℃时接种，春栽接种期一般安排在旬平均气温上升到20℃往前推60～65天接种，不同地区应根据海拔高度不同适当提前或推后。
3、适温养菌： 黑木耳菌丝在发菌阶段需在完全黑暗的条件下进行，发菌温度在5～36℃之间，最适温度为24～28℃，秋栽黑木耳在发菌的前期和春栽黑木耳在发菌的后期，当气温起过25℃时，每项天至少应给培养室通风2～3次，且晴天通风须在早晚进行。另外春栽黑木耳在发菌前期，当气温低于20℃时，应给培养室加温，使培养室温度达到22～24℃。
4、管理科学： 黑木耳在不同的生长阶段对温、湿度和通风的要求是不同的，在木耳原基形成期，保持相对湿度在80%左右，并适度通风；在原基分化形成期，珊瑚状耳芽相当幼嫩，保持相对湿度80～90%，此时如果湿度过大，应立即停止喷水3～5天，耳基稍干后再浇水，在子实体生长阶段，为促进耳片快速生长，要坚持三干七湿的原则，加大通风，干湿分明，相对湿度保持在90～95%之间。
5、适时采收： 当子实体耳片充分展开，边缘变薄，耳根收缩、八分成熟时采收。采收时一手握住菌棒，一手捏住耳根，轻轻旋转，不能在菌棒上留有耳蒂，以免引起杂菌感染 。
