微生物肥料在提高土壤生物肥力、防控根部病害、提高产品品质作用显著，但是也有部分农户反映效果不稳定，同一批次的品种在不同作物、不同时期、不同用量的情况下效果差异很大。引起效果不稳定固然有产品本身的问题，也存在储运和用户使用的问题。而因用户不正确使用造成微生物肥料效果降低的现象十分常见，主要体现在观念和使用方法上。
第一部分：7个观念误区
误区1：靠见效速度评价产品好坏，认为见效快的就是好菌剂或菌肥。
微生物的生命活动，除了会分解土壤中难溶及被固定的元素，增加营养元素的供应量，利用自然界的物质转化为植物生长所必须的物质，促进作物产量提高外，还能产生植物生长刺激素和拮抗某些致病微生物的作用，可减轻作物病虫害的发生，肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期，这一点是与化学肥料和植物调节剂的最大区别，这也就出现了微生物肥料速效性不如化学肥料与植物调节剂的现象。
见效慢并无意味着菌剂及菌肥是无效果的，能在较短时间内就可以看到作物长势明显改善的品种也未必是好的菌肥或菌剂，其中也不乏一些添加了植物调节剂的品种。
误区2：种类混乱，分不清使用的是菌剂还是菌肥。
农用微生物菌剂是指目标微生物(有益菌)经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂，它具有直接或间接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用；应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，改善农产品品质及农业生态环境。
微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥，复合微生物肥料是指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质复合而成的活菌制品;生物有机肥是指目的微生物经工业化生产增殖后与主要动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来源并经无害化处理的有机物料复合而成的活菌制品。
菌剂、菌肥最大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。
误区3：认为一种产品中菌的种类越多、菌种数量越大越好。
复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。菌衡量标准为“有效活菌数(CFU)”，单位为“亿/g或亿/ml”，数量不能代表全部，不但要看菌数量，还要看有效活菌的数量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌数量越大效果会表现越好。
影响产品使用效果的因素除了菌的种类及数量外，菌的纯度至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用，国家标准规定农用微生物菌剂产品杂菌率分别为：液体≤10.0%，粉剂≤20.0%，颗粒≤30.0%；复合微生物肥料产品杂菌率标准为：液体≤15.0%，粉剂≤30.0%，颗粒≤30.0%；市场上少数不合格产品中会含有致病菌，本意是用有益菌修复土壤，使用了不合格品种，反而会引起致病菌繁殖，导致病害发生。
误区4：一个季节使用一次就可以，一次使用作用可持续多年。
部分微生物菌种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量使用、杀菌剂的使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，要继续保持有益菌群的地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。
误区5：不注重菌的种类，认为一种菌可以解决多种问题。
少数用户在选购微生物肥料时只注重是不是含菌，而不关注菌的种类，缺乏对症用菌的意识，使用了不对症的菌品种，产品效果难以发挥，难以达到用户目的。
现阶段在农业部获得登记的微生物品种有：根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂。
不同品种具有的功能不同，微生物肥料的作用会体现在六个方面：提供或活化养分功能;产生促进作物生长活性物质能力;促进有机物料腐熟功能；改善农产品品质功能;增强作物抗逆性功能;改良和修复土壤功能。
要结合需求、菌种特点、菌种功能选用对症的产品。
误区6：超过保质期使用就没有效果。
农用微生物菌剂国家标准规定，“农用微生物菌剂产品”及“有机物料腐熟剂产品”液体制品保质期为3个月，粉剂及颗粒制品为6个月。超过保质期并不意味着产品没有效果，要区别对待。在实际应用中，也发现了一些特例，如荧光假单胞菌剂制品(液体)，超过保质期使用非但没有减效，作用较之前更突出，有待进一步研究。
误区7：微生物肥料可以替代化肥
土壤肥力由生物肥力、化学肥力、物理肥力三部分组成，使用微生物肥料后能提高土壤的生物肥力，可以间接促进化学肥力和物理肥力的提高。使用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料利用率，减少部分化肥的投入。
第二部分：3个使用方法误区
误区1：习惯与化学农药混用，降低活性。
微生物肥料中含有活菌成分，将微生物肥料与杀细菌药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性降低并造成部分菌死亡。
误区2：重视使用，轻视使用量，用量不足，效果打折扣。
使用微生物肥料产品能取得好的效果，前提是要用足量。土壤中的微生物种类繁多、数量巨大，接种的外来有益菌要形成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争，为了促进有益菌的繁殖，需要人为创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化土壤，调整土壤酸碱度；增施有机肥，提高土壤物理肥力；增加微生物菌的数量等。
误区3：使用方法亟待改进，使用时期掌握不当，错过最佳用肥期。
微生物肥料使用方式灵活多样，液体菌剂可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根；固体菌剂可以用来拌种、蘸根、混播、混施，不同的使用方式对效果有一定的影响，应避免在土壤表层撒施、高温强光下喷雾，做底肥、沟施、穴施、灌根使用时采取局部用肥的方法会有利于肥效的发挥。
与未腐熟的畜禽粪混合使用时，腐熟过程中的高温对菌剂活性和数量会产生影响，建议将畜禽粪腐熟后再混用。为更好的发挥微生物肥料效果，避免单一方式的使用，建议根据菌种的特性将以上方法组合使用。
微生物肥料主要有六个方面的作用，作用的发挥是建立在菌繁殖的基础上的，繁殖需要时间，为了更好的发挥肥料效力，应避免在作物已经出现脱肥或需肥高峰期使用，应将用肥提前到种植前或需肥高峰期来临前10~15天。
