近年来，菜农逐渐认识到生物菌肥的好处，使用越来越多。有些菜农反映，使用生物菌肥的棚室，土壤疏松、植株长势健壮、土传病害大大减少，然而也有不少菜农反映使用后根本没有效果。生物菌肥含有大量的生物菌，它通过生物菌的活动，起到改善土壤理化性状、提高土壤有机质含量和解钾、释磷、固氮的作用。如果使用不当，影响了生物菌的活性，就会严重降低生物菌肥的效果。
那么，如何充分发挥生物菌肥的作用呢？
创造良好环境 保证生物菌活性
要想使生物菌肥达到良好的改土效果，必须保证菌体为活体状态，并且不断进行繁殖。光照、水分、PH等因素都会影响生物菌的活性，因此在农业操作中要注意创造有利于生物菌生存的土壤条件。
菌肥产品无论是存储还是使用，都不能暴露在强光之下，这是因为阳光中的紫外线对以生物菌产品当中的细菌等有很强的杀灭作用。如果在存储或使用时是菌体长时间暴露在强光下，就会使菌肥的效果就受到影响，持续时间越长，生物菌就被杀灭的越多，效果也就越不好。
生物菌对于土壤的干湿度要求比较严格，并且生物菌的繁殖尤其是细菌的繁殖离不开水分，所以土壤要保持一定的湿度才能利于生物菌的繁殖扩增，但是要注意土壤不能太湿，如果土壤水分过大就会把其中的氧气挤掉，也会对生物菌的生长不利。
土壤的酸碱度不能有较大变化，中性土壤更利于土壤微生物的生存，可把土壤的pH值调整到在6.5-7.5之间。
合理搭配 提高生物菌肥效果
生物菌肥与其它肥料配合使用，可达到1 1＞2的效果。生产中，菜农可将生物菌肥与有机肥、甲壳素和化学肥料等配合使用。
生物菌肥与有机肥搭配时，有机肥不仅为蔬菜生长、土壤改良提供大量的有机质和养分，而且在生物菌的分解下更利于蔬菜吸收，延长土壤使用寿命。
生物菌肥与甲壳素搭配时，生物菌中包含的固氮菌、解磷解钾菌、放线菌、芽胞杆菌、毛壳菌、乳酸菌、光合细菌等能抑制致病菌的生长繁殖，而甲壳素不仅能够提高土壤中的自生固氮细菌、纤维分解细菌、乳酸细菌等有益菌的比例，而且对于生物菌肥中的放线菌、解磷解钾菌等有促进生长的作用。在解决死棵等土传病害问题上，甲壳素配合生物菌可起到良好的效果。
生物菌肥与化学肥料搭配时，生物菌肥可以利用生物菌达到活化土壤、调节植株生长、促进土壤中养分吸收的作用，而化学肥料可以满足生物菌在调节和促进植株生长过程中对于矿质元素的需求。
