有机肥主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。
1. 提供养份全面
生物有机肥含有作物所需要的营养成份和各种有益微生物，而且养份比例全面，有利于作物吸收。相比于大肥，有机肥不会因多施而造成土壤某种营养元素大量增加，破坏土壤养份平衡，造成土壤板结等现象，引发各种土传问题。
但需要注意的是，生粪不宜直接当做有机肥施用，因为其中往往包含大量病菌和虫卵，极易引发作物病虫害灾害，建议购买成品生物有机肥。若需施用生粪时，建议使用阿姆斯有机物料腐熟剂进行提前腐熟，避免烧根烧苗，同时杀死其中的病菌虫卵，保障作物茁壮成长。
2. 促进土壤微生物繁育
生物有机肥含有大量的有机质，是各种微生物生长繁育的地方。据研究，深耕配合施用有机肥，土壤固氮菌比对照增加近一倍，纤维分解菌增加近2倍，其它微生物群落也有明显增加，所以施有机肥能大大促进新开垦土地的熟化进程，搭配肥料自带的有益菌，可以迅速挤占营养空间，让病原菌无法生长。
另外，有机肥在腐解过程中还能产生各种酚、维生素、酶、生长素等物质，能促进作物根系生长和对养分的吸收。
3. 施放养分、提高肥效
生物有机肥钟含有许多有机酸、腐殖酸、羟基等物质，它们都具有很强的螯合能力，能与许多金属元素如锰、铝、铁等螯合形成螯合物，可减少锰离子对作物的危害。又可防止铝与磷结合成很难被作物吸收的闭蓄态磷而无效化，大大提高土壤有效态磷的有效性。
同时，微生物在自身生理活动中也能分解被固化的营养物质，促进有机质转化成植物易吸收的速效态营养，提升肥料。所以在化肥使用过量的土地上搭配使用生物有机肥，可以实现减量不减产，改良土壤，培肥地力的效果。
4. 改善土壤理化性质
微生物可以促进土壤团粒结构的合成，而有机—无机团聚体是土壤肥沃的重要指标，它含量越多，土壤物理性质越好，土壤越肥沃，保土、保水、保肥能力越强，通气性能越好，越有利于作物根系生长。
板结的土地之所以不易于耕种，就是因为其团粒结构差，土壤不透气，不保水，根系及有益活性菌难以生长，因此作物发育不了，极易得病。
5. 提高土壤保肥保水能力
生物有机肥料都有较强的阳离子代换能力，可以吸收更多的钾、铵、镁、锌等营养元素，防止淋失，提高土壤保肥能力。此外，生物有机肥还具有很强的缓冲能力，可防止因长期施用化肥而引起酸度变化和土壤板结，可提高土壤自身的抗逆性，保证土壤良好的生态环境。
