草甘膦属内吸传导广谱灭生性除草剂， 对多年生深根性杂草地下组织有很强的破坏能力，能直接杀死杂草的根系。但是施用草甘膦除草剂时药效为何有差异？
一是耕作方式不同药效会有差异。
使用草甘膦除草剂最好用于免耕播种。于作物播前1-3天喷药，为抢季节播种也可在喷后播种。播前用药因药物不与作物种子直接接触，不会影响作物种子发芽和幼苗生长，因而除草和抑草效果均优于翻耕。免耕没有将土壤里层的杂草种子翻到表土层，因而杂草种子难以发芽，一旦作物成长封行后，杂草种子和幼苗因见不到阳光而不能萌发生长。因此草甘膦除草剂用于免耕地的除草效果就会好于翻耕地。
二是杂草不同生育期用药，药效会有差异。
草甘膦是内吸传导型除草剂，所以要在杂草生长最旺盛时用药。在时间上一般在3-10月，在植物学特性上，应以开花前用药最佳时期。一般来说一年生杂草有15厘米左右高度、多年生杂草有30厘米高度、6-8片叶时喷是最适宜的。不考虑杂草的生育时期，待杂草老化后再盲目喷药除草，当然就收不到理想的防治效果了。
在作物行间除草，当作物植株较高与杂草存在一定的落差时，用药效果较好且安全。此时用草甘膦除草剂时作物因下部叶片已经老化，对药物的敏感度低，传导力差，因而药物对作物的影响很小。如玉米行间的除草，上架后的豆类、瓜类行间除草等都可以用这种方法。三是喷施浓度不同药效会有差异。
据调查，农户在用草甘膦时用药浓度不像其它农药一样有较严格的要求，随意性较大，加大用量或减少用量的现象时有发生。在确定用药浓度时一定要考虑杂草的类型。一般禾本科杂草对草甘膦较敏感，能被低剂量的药液杀死，而防除阔叶杂草时则要提高浓度；对一些多年生的根茎繁殖的恶性杂草则需要较高的浓度，杂草叶龄大、耐药力提高，相应的用药量也要提高。
如防除果园杂草时，一年生禾本科杂草时可用10％草甘膦500-700克兑水30-40公斤；防除一年生阔叶杂草时药液用量应增加到750-1000克；防除多年生恶性杂草时，用药量应达到1250-1500克。但用药过量时会迅速杀死植物的传导组织，反而不利于药液吸收而降低药效，因此为了经济用药，应先用较低浓度把嫩草杀死，然后约10天后再用相应的浓度定向喷除恶性杂草。
