消毒
1. 灾害发生后应第一时间将档案库房的积水抽空，将水淹档案尽快转移到地势较高的安全空间。
2. 水淹纸质档案高含水量时间较长，或在水中浸泡时间较长（超过一周），或库房积水比较复杂、情况比较恶劣，很多来不及抢救的档案开始发霉，档案表面细菌滋生，水中存在致病微生物。因此在档案打捞工作完成后，应经过清洗晾晒，并在修复之前进行消毒处理。可以利用医院或相关部门的设施设备在专业人员的指导下对这部分档案进行熏蒸消毒。采取环氧乙烷与二氧化碳混合气，可以有效杀灭档案所携带的致病微生物，确保参与抢救人员的身体健康。
3. 包裹泥浆的档案在消毒前应先进行简单的清洗，清除外围的泥浆后稍微晾晒，再进行消毒。因为泥浆会影响熏蒸剂的穿透能力，从而影响熏蒸消毒效果。
4. 如果发现档案表面有少量霉菌，可用棉球蘸75%酒精沿一个方向擦拭，并及时更换棉球，将使用过的棉球投放进专门的废物桶里，避免档案的交叉感染造成更普遍、更严重霉变。如果发生严重的霉变，应对档案进行熏蒸消毒灭菌处理。
干燥
1. 将抢救出来的档案按照与生产生活联系紧密程度、受损程度、以及档案载体的种类，分类放置在不同的空间，以便有针对性采取措施。
2. 受损档案应放在具备良好密闭条件及良好通风条件的房间，以便有条件采取去湿干燥。
3. 如果由于临时停电无法使用去湿机、空调和风扇，可以采取自然通风，以降低纸张中的含水量。
4. 如条件允许，可将纸质档案放置于低温冷冻设备中，防止其生霉，为后续修复争取时间。如无法使用冷冻设备，则应采取其他措施降低纸张的含水量。在紧急情况下，档案可以短时间暴晒，一方面可以快速降低纸张中的含水量，另一方面太阳光中的紫外线也具有一定的杀菌作用。
5. 如受灾档案数量不大，受潮程度较轻，可用自然晾干法。具体方法是，准备软毛刷、排笔、毛毡、吸水纸等材料，将档案沥去明水（装订成册的档案或书籍资料可以采用悬挂的方式），放在通风条件好的房间内展平放置，采用吸水纸反复撤潮，在自然晾干过程中，每天坚持翻动两次以上。还可在档案中加入吸水纸，并及时更换，也可用电风扇增强通风去湿效果。如在南方某地，由于灾后供电等条件所限，采用此法处理受淹的珍贵经书也取得过较好的效果。此法干燥速度较慢，若受损档案数量较多，损坏较严重，纸张含水量过高，不宜采用。对于单页档案或较薄的档案文件则将其平放在干净的吸水纸上，勤换吸水纸以加快干燥速度，档案即将干燥时可以加压，使之平展。
6. 减湿处理是为水浸档案创造一个持续低湿的环境并适当增加环境温度，使档案中的水分迅速蒸发以达到去湿干燥目的。这种方法要求房间密闭条件好，配备大功率的去湿机或多台小型去湿机。
具体方法是，先在木架上铺吸水纸，再将档案展平放置，也可以根据情况，在档案内夹入吸水纸用于吸收纸张中的水分并及时更换（一次夹入吸水纸的总厚度不能超过纸质档案厚度的1/3，避免档案变形）。然后开启去湿机除湿，当被淹档案纸张含水量降至约为14%（手感稍潮）时，将案卷按一定厚度叠放，于其上施加一定压力，在平展状态下被干燥至正常含水量（6%～8%）。这种方法的优点是速度快，操作方便，室内温度、湿度条件可控，档案不易起皱、变形，非常适用于珍贵档案文献的抢救。
去污
由于水从外界侵入库房，档案上往往带有泥沙、泥浆、污物等，需用软毛刷蘸以洁净的清水清洗，清洗前应将档案中的金属装订物取下。在清洗过程中应注意以下几点：
1.针对有泥沙处小心清洗，避免因过多清洗导致纸张起毛、起皱；
2. 对染有如油污等明显污染物的档案，需单独处理并分开放置，避免污染相邻档案；
3. 清洗过程中，小心搬动档案，避免二次损害；
4. 将去污处理后的档案展平放置于塑料筐内，待进一步减湿干燥处理，如遇受淹档案量大，可采取冷冻保存，然后分批减湿干燥；
5. 对于单页或页数不多的档案去污可放在玻璃板（与桌面成45°）上清洗，待清洗完成后，借助于玻璃板将档案移动，可避免损伤纸张。
