虽然都是为了信息化建设而引入的系统，但企业引入这两类系统所希望达到的目标有着明显的区别。OA系统，即办公自动化系统，主要面向企业的日常运营和管理，侧重目标是帮助企业提高办公效率，实现企业的无纸化办公;通常情况下，企业的所有员工都可以使用OA系统。而项目管理系统主要面向企业的项目管理，侧重目标是在有限的资源约束下，运用系统的观点、方法和理论，对项目涉及的全部工作进行有效地管理，为企业创造新的价值增长点;一般是项目管理者和项目参与人员使用的系统。
二、系统功能不同
目前市场上的OA系统，一般包括任务协作、审批流程管理、费用报销、考勤管理、办公用品管理、个人日程、工作报告、通知公告等功能，这些功能都是工具型的协作功能，没有特定的业务逻辑。
项目管理系统则不同，项目管理系统一般都是基于一套成熟的管理理论来研发的，目前比较主流的项目管理理论有“项目管理知识体系指南(PMBOK指南)”和“受控环境下的项目管理(PRINCEII)”。市面上大部分项目管理系统都是基于PMBOK理论研发的，它涵盖了项目启动、规划、执行、监控和收尾五大过程的管理，包含了项目立项管理、计划管理、进度管理、成本管理、质量管理、采购管理、风险管理等有特定业务逻辑的功能。和OA系统相比，项目管理系统更面向特定的使用人群，功能也更专业。
三、使用系统的投入不一样
对大多数企业来讲，OA系统的普及度较高，价格比较低廉，企业决策成本较低，系统推行起来比较快，易于操作，一般不用进行专业的培训。
而项目管理系统在推行前则需要进行一定的普及教育、需求梳理以及必要的培训才能使用。不同于OA系统的大范围普及，虽然现代项目管理系统在国外应用得比较成熟，但在国内还处在推广教育的初级阶段，很多企业往往是因为做项目的过程中遇到了很多困难和阻碍，诸如并行项目多，项目过程监管困难，业务流程难以固化，跨部门协调困难，项目运行效率低等问题才意识到项目管理系统的重要性，此外，由于不同企业的项目管理需求存在一些差异，需要对企业的项目管理需求进行一定的梳理，对员工进行必要的培训才能使用，相比于OA系统，上线项目管理系统企业的投入更大，面临的风险更大，因此在选择项目管理系统软件需要考量的因素更多。
