网站被攻击遭遇病毒主要有以下原因：
本地机器中毒
比如本地电脑已经中毒，这些病毒通过访问网站，将一些程序上传到网站或者上传到虚拟主机空间中，也会影响网站的整体安全。
后台的安全
在得到服务器操控权后，建议重新设置后台账户密码，不要使用初始密码，后期要经常修改密码。这是避免服务器中毒。
FTP漏洞
这种情况主要是通过FTP侵入空间，然后取得服务器的源码。这是一个入侵网站的方式，取得源码之后对网站进行控制，利用被入侵的网站进行一些盈利行为。在安全性能中，web服务器也是存在安全漏洞的，比如说：IIS,apache,tomcat服务器也是存在一定的安全漏洞的，一些黑客会利用这些服务器漏洞，进行入侵服务器，控制整个网站，然后对网站进行一些操作从而达到自己的目的。
源程序的安全性问题
现在很多网站程序不是自己编写的而是到网上下载的，这样方便了很多用户。这些网站程序是很方便，但是存在一个比较大的安全问题。因为是免费的谁都能查看源代码，有些不法分子就会专门去研究这些代码存在哪些漏洞，然后去破解使用这个模板的网站，然后入侵，这些人可能会在网站上放一些黑链或是其他不好的东西，甚至是胡乱弄致使网站打不开。
上网行为
我们有些用户在得到服务器的使用权限之后，直接把服务器当普通的电脑使用，在上边浏览一些网站或是下载东西，一旦去浏览那些带有病毒的网站之后，服务器会有很大的可能会中毒。
