网站防御不佳的另外一个原因是网站管理员对网站的价值认识不清。一些网站管理员对网站安全的重要性并没有给与足够的重视，他们认为一个网站的价值要么就是一台服务器，要么就是网站的建设成本。基于这种错误的认识，他们认为不值得为这个服务器增加超出其成本的网站安全防护措施。
事实上，当一个网站在遭到攻击后带来的损失是无法用一个服务器或网站建设成本来衡量的。企业网站的信息资产在被黑客攻击后(比如用户资料的窃取)，就会让企业承担无形价值的流失。所以，负责网站安全的单位和人员必须纠正对网站价值的认识，加强对网站安全防护措施重要性的认识。只有在意识到网站安全的重要性后，才会投入足够的物力和人力资源去改善网站的防御措施，真正达到良好的网站防御水平。
未能及时发现黑客入侵行为
一些黑客通过网站服务器的漏洞或网页自身的漏洞来获取了网站控制权限，这些黑客们通常为了传播一些非法信息或单纯地想要炫耀自己的电脑技能，会选择篡改网站内容。这一类黑客入侵行为并不是最可怕的。一旦网页被篡改，黑客就会被暴漏，他们在获取网站控制权限后就无法隐蔽自己。网站被入侵、网页被篡改自然会给网站带来很多不良影响，但是黑客本身并没有获得直接利益。而这种黑客入侵行为也能被及时发现并处理，继而将黑客入侵对网站的负面影响最小化。
但是很多网站安全问题的出现都是由于网站管理人员没有及时发现黑客入侵行为。一些黑客为了控制网站产生直接的经济利益，在利用漏洞获取网站的控制权限后，并不急于暴漏自己，网页挂马就是这种行为。黑客在获取网站权限后，就可以利用网站，将浏览网站的用户种植木马。通过这种非常隐蔽的方式，黑客们可以直接获取利益。这也是为什么网站挂马对网站会造成很大的伤害。
黑客通常是在人们毫不知情的情况下给访问网站的用户种植木马的，结果便是被种植木马的用户的机密信息被窃取。这种情况下，网站本身的正常服务功能未受到影响，但是浏览网站的用户却受到了木马程序的危害，而黑客也利用网站来散步木马程序。由于这种黑客行为的隐蔽性，很多网站都未能及时发现网站被挂马。这种极具隐蔽性的挂马行为一般是通过网站网页中加载一个可以让访问网站的用户自动建立另外的下载链接来完成木马的下载，整个木马下载的过程可以很隐蔽地完成，所以一般网站自身的本地病毒软件也是无法发现、识别这个挂马实体。这样黑客入侵后，未被及时发现，可能给网站带来巨大的潜在损失。
发现网站安全问题，却不能彻底解决网站技术的快速发展也让网站安全问题日益突出。但是很多网站开发与设计公司对网站安全代码设计方面了解不多。这也就决定了在网站开发与设计过程中，尽管发现了安全问题，还是不能彻底解决这些安全问题。在发现网站存在安全问题和安全漏洞后，几乎不会针对网站具体的漏洞原理对源代码进行改造。相反，对这些安全问题的解决还只是停留在页面修复上。这也可以解释为什么很多网站在安装了网页防篡改或者网站恢复软件的前提下，还会遭受黑客攻击。
网站维护人员对网站攻防技术的不了解也是造成网站安全问题不能得到彻底解决的一个重要原因。很多网站尽管有专业的网站维护人员，但是他们在发现网站安全问题后，并不具备全面的网站安全知识来解决问题。对于这类企业网站，可以聘请相关专业的网站安全维护公司来对企业网站进行全方位的安全诊断，一旦发现网站安全问题，立即采取安全措施彻底地解决这些问题
